Utbildning
När Carl var nio år gammal skickades han till den närliggande staden Växjö för att gå på trivialskolan i Växjö. Väl där var han dock inte lika intresserad av studierna som att gå ut på landsbygden och leta efter blommor, stenar och insekter. Han började sedermera samla på dessa olika objekt han kunde tänkas hitta i naturen medan han knappt klarade sig i de andra läroämnena han hade. Han föredrog naturvetenskap över hebreiska och teologi.
Skolans rektor, Daniel Lannerus, hade även han ett stort intresse för botanik och introducerade Carl för provinsialläkaren Johan Rothman, som även han delade ett stort botanikintresse. Denne Rothman breddade Carls intresse för botanik men han väckte även ett intresse för medicin inom honom.
Vid 17 års ålder, 1724, började Carl studera vid katedralskolan i Växjö där han studerade matematik, teologi, hebreiska och grekiska. Han följde en noggrann utlagd studieplan för att kunna fortsätta studera för en prästtjänst. Men när Carls far kom och besökte skolan för att se hur det gick för Carl och hans studier blev han överraskad att höra av många att Carl nog aldrig skulle kunna studera vidare. Men Rothman klev in och förkunnade att han var av en annan åsikt och trodde att Linneaus skulle kunna lyckas inom det medicinska fältet. Han erbjöd att ta sig an Carl och låta honom bo hos honom och hans familj i Växjö medan han undervisade honom i botanik och fysiologi.
Nils Linneaus accepterade detta erbjudande.
Under dessa åren lärde han sig om hur man klassificerar växter och hur växternas sexuella reproduktion sker.
År 1727 skrev Carl in sig på Lunds universitet för att studera medicin. Men bara ett år senare, år 1728, flyttade han till Uppsala Universitet i hopp om att lära sig mer. Han blev dock inte helt nöjd med undervisningen och spenderade mycket tid i den botaniska trädgården där han mötte Olof Celsius som vid tidpunkten var professor i teologi och amatörbotaniker. Han blev imponerad av den unge studenten och erbjöd honom fri kost och logi hos honom och tillgång till sitt privata botaniska bibliotek, vilket var ett av landets mest omfattande.
Hans professor Olof Rudbeck den yngre såg potential i honom redan som andraårsstudent när han skrivit en uppsats om växters sexuella reproduktion och lät honom då undervisa i den botaniska trädgården. Hans föreläsningar blev mycket uppskattade och kunde dra till sig så många som 300 studenter per föreläsning.
Han flyttade sedan hem till Rudbeck för att undervisa tre av hans barn. Det var där som Carl började ifrågasätta tidigare klassifikationssystem och bestämde sig för att skapa ett eget.